1、次氯酸钠添加量应根据水源中细菌数进行相应调整，除了定期对细菌数进行检测外，还应对混合离子交换柱入口游离氯进行检测，以免游离氯超标，影响树脂的正常运行。
2、注意用水点旋塞的污染，使用频率较小的旋塞容易成为微生物污染的对象，一旦污染，若不长时间放水冲洗，无法恢复原状态。
3、市售次氯酸钠溶液容易氧化分解，若使用时间过长或系统逢节假日停运时间较长，除了从水箱放水让反渗透膜隔一段时间运行数小时、使系统保持活性外，也要对次氯酸钠溶液适时进行更换。
4、混合离子交换柱通常都采用一用一备的，细菌在静止超纯水中能够迅速繁殖，通常在备用混床投入运行前，对其进行再生，以保证杀菌效果。